Ein erneuter Konflikt um Schleswig-Holstein (1863/64) bot Bismarck die Gelegenheit, die Deutschlandpolitik Preussens zu isolieren, d.h. die Gefahr einer Großmachtsintervention bzw. einer europäischen Lösung zu verringern. Im März 1863 verkündete der dänische König Friedrich VII. das März-Patent, in dem eine neue Gesamtstaatsverfassung ohne Billigung der Stände der Herzogtümer erlassen wurde, die zudem auf eine Inkorporation Schleswigs in den dänischen Staat hinauslief – ein klarer Verstoß gegen das Londoner Protokoll von 1852. Zunächst schien die polnische Frage dieses Vorgehen zu verdecken, zumal den Bundestag noch der Streit über die Reformfrage beschäftigte und Preussen seinen Verfassungskonflikt hatte. Mit dem Tod des Königs (15. November 1863) trat allerdings eine Wendung ein, denn der Erbprinz Friedrich von Augustenburg erklärte sich aufgrund dynastischer Ansprüche zum Herzog Friedrich VIII. von Schleswig-Holstein. Er wurde von den meisten kleineren deutschen Staaten anerkannt und als ausgewiesener Liberaler von der Nationalbewegung unterstützt, obwohl diese sonst gegen das Legitimitätsprinzip und gegen die Vermehrung der Kleinstaaten auftrat.
Bismarck hatte nun drei Möglichkeiten: Er konnte im Sinne des Londoner Protokolls auf der Rückkehr der Personalunion bestehen, den Augustenburger anerkennen oder die Herzogtümer annektieren. Gegen die dritte Option, die er selbst favorisierte, standen die Interessen Englands, das eine Schwächung der dänischen Monarchie als Gefährdung britischer Interessen im Ostseeraum betrachtete, und Österreichs, das eine Machterweiterung Preussens in Norddeutschland nicht hinnehmen wollte. Die deutschen Kleinstaaten wie der preussische König und der gesamte preussische Landtag standen hinter dem Augustenburger. Allein Frankreich ermutigte Preussen zur Annexion, um sich selbst aus den Verträgen von 1815 zu befreien und eventuell Kompensationen am Rhein zu erhalten.
Der preussische Ministerpräsident verlangte deshalb zunächst von der dänischen Regierung nur die Einhaltung des Londoner Protokolls, obwohl er diese Politik innerhalb der preussischen Politik nur schwer durchsetzen konnte. Angesichts der nationalen Erregung in Deutschland konnte auch Wien als Präsidialmacht des Deutschen Bundes nicht untätig bleiben, und eine nationale Lösung hätte einen für die Donaumonarchie gefährlichen Präzedenzfall geschaffen. Zudem war die österreichische Regierung stark an der Weitergeltung des Londoner Protokolls als Bestandteil einer europäischen Ordnung interessiert und schloss sich deshalb erleichtert der Linie Bismarcks an. Im Bundestag erklärten die beiden Großmächte, ihre Politik auch gegen eine Bundestagsmehrheit durchführen zu wollen, was einen katastrophalen Prestigeverlust Österreichs bei den kleineren Staaten zur Folge hatte. Diese akzeptierten eine Besetzung Holsteins (und Lauenburgs) durch sächsische und hannoversche Bundestruppen, aber verweigerten ihre Zustimmung zur Besetzung Schleswigs. Daraufhin rückten preussische und österreichische Truppen durch Holstein nach Schleswig vor, bereit, auch gegen die Bundestruppen zu kämpfen.
Währenddessen nutzte Bismarck seine vorgebliche Treue zum Londoner Protokoll, um die pro-dänische britische Regierung (Premierminister Russell, Außenminister Palmerston) von einer Intervention abzuhalten. Den Einmarsch in Schleswig allein wollte England nicht mit Krieg beantworten, zumal Frankreich mit Verweis auf die fehlende Verlässlichkeit Englands in der polnischen Frage 1863 seine Unterstützung verweigerte. Eine Parteinahme für den Augustenburger hätte dagegen wahrscheinlich eine englische Intervention zur Folge gehabt. Diese Konsequenz konnte Bismarck dem preussischen König gegenüber geltend machen, um ihn auf seiner Linie zu halten.
Am 18. April 1864 erstürmten die deutschen Truppen die Düppeler Schanzen, die letzte dänische Verteidigungsstellung in Schleswig. Schon vorher waren preussische Truppen ohne vorherige Abstimmung mit Österreich über die Grenze zum dänischen Kernland vorgestoßen. Angesichts des deutschen Vormarsches berief Lord Russell eine internationale Konferenz in London ein in der vagen Hoffnung, den Status quo ante bellum wiederherzustellen. Bismarck wollte die Konferenz dagegen nutzen, das Londoner Protokoll, das nur zur Rechtfertigung des deutschen Vormarschs gedient hatte, loszuwerden. Durch wendiges Taktieren versuchte er zudem eine Einigung der Großmächte und eine internationale Lösung verhindern, um volle Bewegungsfreiheit für Preussen nicht nur in Schleswig-Holstein, sondern in der deutschen Politik insgesamt zu gewinnen. Russland stellte sich wegen der Zusammenarbeit mit Preussen seit der Alvenslebener Konvention – anders als 1849/50 – nicht hinter Dänemark. Frankreich machte sich mit dem Vorschlag, eine Volksbefragung in den Herzogtümern durchzuführen, bei den konservativen Mächten Russland und Österreich unbeliebt, und bot Preussen seine Unterstützung bei einer Annexionslösung an. Die dänische Regierung setzte ihre Hoffnungen deshalb auf England. Im Vertrauen auf eine englische Intervention bei einem weiteren deutschen Vordringen schlug sie einen österreichisch-preussischen Kompromissvorschlag (Personalunion unter dem dänischen König Christian IX.) aus. Aber selbst wenn die Dänen bereit gewesen wären, über eine Personalunion zu verhandeln, hätte Bismarck ein Zustandekommen dieser faktischen Rückkehr zum Londoner Protokoll mit einer Reihe von Bedingungen verhindert.
Nun blieb nur noch die Wahl zwischen einer nationalen Lösung (Augustenburg) und einer Machterweiterung Preussens (Annexion). Frankreich erneuerte insgeheim seine Billigung eines Anschlusses an Preussen, um die aus der Sicht Napoleons III. unerwünschte Zusammenarbeit der beiden deutschen Großmächte zu untergraben und Preussen eng an sich zu binden. Um dieser Falle zu entgehen, bemühte sich Bismarck um Österreichs Zustimmung zur Annexion. Rechberg entschied sich jedoch für den Augustenburger als das kleinere Übel, und Bismarck schloss sich zum Schein an. Am 28. Mai 1864 traten die beiden deutschen Mächte gemeinsam mit dem Vorschlag, einen neuen deutschen Mittelstaat Schleswig-Holstein unter dem Prinzen von Augustenburg zu schaffen, vor die verblüffte Konferenz. In einer Unterredung mit dem Augustenburger hatte Bismarck dem künftigen Landesherren aber so viele einengende Bedingungen gestellt, dass dieser verzichtete.
Da Dänemark, unterstützt von England, angesichts des deutschen Vorschlags auf einer Teilung Schleswigs weit südlich der Sprachgrenze bestand, endete die Konferenz am 25. Juni 1864 ohne Einigung. Als nun das britische Kabinett den Interventionskurs des Außenministers Palmerston, auf den Dänemark gezählt hatte, verwarf, war der Weg für eine militärische Lösung frei. Dänemark blieb nach dem Übertritt der preussischen Truppen auf die Insel Alsen nur die politische Kapitulation am 1. August, die Abtretung beider Herzogtümer an Preussen und Österreich (endgültig bestätigt im Wiener Friedensvertrag am 30. Oktober 1864). Im Friedensvertrag wurde der Deutsche Bund – ganz im Sinne der preussischen Deutschlandpolitik – nicht erwähnt. Nun stand der Annexion nur noch Österreich im Weg, da die Konferenz gezeigt hatte, dass England und Russland nicht eingreifen würden und Frankreich den preussischen Vorhaben sogar wohlwollend gegenüber stand.
Obwohl Österreich stark auf die Allianz mit Preussen als Bollwerk gegen Frankreich und die Revolution angewiesen war, gelang es Bismarck nicht sofort, die österreichische Zustimmung zur Annexion zu erhalten. Er war auf der bilateralen Konferenz in Schönbrunn im August 1864 nicht bereit, Österreich im Gegenzug formell die Unterstützung bei einer Rückeroberung der Lombardei (für die Österreich auf Kooperation mit Preussen angewiesen war) zuzusichern, sondern wollte sich mit einem vagen Versprechen der preussischen Neutralität in einem solchen Fall begnügen. Während Rechberg noch immer glaubte, sowohl mit Preussen als auch mit den Mittelstaaten verbündet bleiben zu können, hatte die Gruppe um Schmerling bereits erkannt, dass eine haltbare Allianz mit Preussen unter Bismarck nicht zu haben war, und für eine Verbindung mit Frankreich plädiert. Dennoch entschied sich Kaiser Franz Joseph für Rechbergs Linie, der wie Bismarck eine Politik des Angelpunkts verfolgen wollte mit dem Ziel, Preussen von seiner aggressiven Deutschlandpolitik abzuhalten.
Rechberg hoffte, für das österreichische Entgegenkommen im Norden endlich Zugang zum Zollverein zu erhalten. Seit Februar 1864 drängte er Berlin erneut, den Bruck-Plan anzunehmen. Bismarck verschleppte jedoch die Verhandlungen und zwang die übrigen Zollvereinsmitglieder, der fälligen Erneuerung des Zollvereins 1865 auf der Basis des preussisch-französischen Freihandelsvertrages zuzustimmen. Der Beitritt zu einem solchen Verein hätte die österreichische Wirtschaft weiterhin überfordert, so dass der Plan einer mitteleuropäischen Zollunion im Rahmen des Deutschen Bundes endgültig gescheitert war. Am 27. Oktober 1864 musste Rechberg unter dem Druck seiner Kritiker zurücktreten. Das Ergebnis der Auseinandersetzung zeigte, wie stark die Mitglieder des Zollvereins bereits unter die Vorherrschaft des wirtschaftlichen Riesen Preussen geraten waren, und dass sich die Grenze zwischen Deutschland und dem Westen an die österreichische Grenze verlagert hatte. Die wirtschaftliche Übermacht Preussens sorgte andererseits dafür, dass die kleineren Staaten umso mehr zur Verteidigung ihrer politischen Souveränität entschlossen waren. Da Rechbergs Nachfolger, Graf von Mensdorff, als diplomatischer Neuling auf den Rat Biegelebens angewiesen war, wandte sich auch die österreichische Deutschlandpolitik wieder stärker den Mittelstaaten zu und lockerte die Allianz mit Preussen. In der Schleswig-Holstein-Frage forderte Mensdorff von Preussen für die Zustimmung zur Annexion territoriale Kompensationen in Schlesien und Württemberg und brachte als Alternative erneut den Augustenburger ins Spiel.
In den folgenden Monaten hielt Bismarck die österreichische Diplomatie hin und erzwang den Abzug der sächsischen und hannoveraner Bundestruppen aus Schleswig-Holstein. Erst im Februar 1865 antwortete er und bot nicht etwa Gegenleistungen für die Annexion an, sondern knüpfte den Verzicht darauf an erhebliche Bedingungen (Übernahme der schleswig-holsteinischen Streitkräfte durch die preussische Armee, Beitritt Schleswig-Holsteins zum Zollverein, preussische Stützpunkte an der Küste), die faktisch auf eine getarnte Annexion hinausliefen. Diese Bedingungen empfand Österreich als unannehmbar. Am 6. April 1865 forderte der Bundestag die beiden Großmächte auf, die Verwaltung der Herzogtümer an den Prinzen von Augustenburg zu übergeben. Da der preussische König Wilhelm I. mittlerweile zur gewaltsamen Annexion bereit war und auf den Februarbedingungen beharrte, nahm die Spannung zu, und Preussen begann, Kriegsvorbereitungen zu treffen. Schließlich lenkte Österreich noch einmal ein. Ein Gesandter des Kaisers handelte mit Bismarck und Wilhelm I. die Konvention von Bad Gastein (14. August 1865) aus, in der vereinbart wurde, dass Preussen Schleswig, Österreich Holstein verwalten sollte. Allerdings wurde das preussisch-österreichische Kondominium über die Herzogtümer nominell aufrecht erhalten, und Preussen erhielt Sonderrechte in Holstein (Zugangsrechte nach Schleswig und militärische Stützpunkte). Österreich hoffte, damit die gemeinsame konservative Front retten zu können, obwohl es durch die Teilung der Herzogtümer und das Fallenlassen des Augustenburgers erneut an Prestige bei den Mittelstaaten einbüßte. Für Bismarck war dagegen entscheidend, dass eine künftige Annexion nicht definitiv ausgeschlossen worden war.
Frankreich hatte zu diesem Zeitpunkt eine Schlüsselstellung inne: Napoleon III. wollte die führende Stellung Frankreichs im westlichen Teil Europas ausbauen und bot sich damit einerseits als Partner einer der beiden deutschen Großmächte im Kampf um die Vorherrschaft in Deutschland an. Andererseits ließ sich ein Bündnis mit Frankreich gegenüber der Nationalbewegung als „Verrat“ an der nationalen Sache darstellen, wodurch der jeweilige Bündnispartner diskreditiert würde. Allerdings bediente sich auch Bismarck weiterhin der Politik des Angelpunkts, indem er den Verweis auf die preussische Bündnisfreiheit nutzte, um französische Ansprüche abzuwehren und österreichischen Widerstand abzuschwächen. Die Sorge Frankreichs vor einem festen Bündnis der deutschen Großmächte nach der Gasteiner Konvention, die Napoleon III. im Oktober 1865 zum Ausdruck brachte, zerstreute sich rasch angesichts der auftretenden Spannungen. Österreich war nicht bereit, mit Preussen gegen Aktionen des Nationalvereins zur Anfechtung der Gasteiner Konvention in der freien Stadt Frankfurt im Oktober 1865 vorzugehen, da dies einen erneuten Verstoß gegen die Souveränität der kleineren Staaten bedeutet hätte. Als nun der österreichische Gouverneur in Holstein im Januar 1866 eine Demonstration für den Augustenburger gestattete, sandte Bismarck eine scharfe Protestnote nach Wien, in der er ultimativ eine gemeinsame antirevolutionäre Politik einforderte. Aber nun war Österreich nicht mehr bereit, weitere Zugeständnisse zu machen, und schickte sich an, seine Stellung in Deutschland entschlossen zu verteidigen. In Preussen wurde demgegenüber mit den Beschlüssen des preussischen Kronrats (28. Februar 1866) die vollständige Verdrängung Österreichs aus Deutschland anvisiert, die „defensive“ Variante eines deutschen Dualismus mit preussischer Vorherrschaft nur im Norden trat in den Hintergrund.
Nun konnte Bismarck keinen Krieg gegen die Präsidialmacht des Deutschen Bundes beginnen, ohne ihn diplomatisch vorzubereiten und Österreich in den Augen der deutschen Öffentlichkeit als Aggressor erscheinen zu lassen. Zudem konnte auch der preussische König Krieg gegen Österreich nur schwer mit seinem Gewissen vereinbaren und musste ständig von neuem von der Rechtmäßigkeit der Politik Bismarcks überzeugt werden. Mensdorff war angesichts der finanziell katastrophalen Lage des Kaiserstaates deshalb verzweifelt bemüht, Preussen keinen Vorwand zum Krieg zu liefern. Allerdings drängte die österreichische Armeeführung angesichts der drohenden Auseinandersetzung zur frühzeitigen Mobilisierung, da das österreichische Heer erheblich schwerfälliger war als die reformierten preussischen Truppen. Die Verlegung einiger österreichischer Regimenter an die böhmische Grenze lieferten Bismarck einen Grund, seinerseits die preussische Grenzarmee verstärken zu lassen.
Generalstabschef Moltke hatte bereits im Kronrat darauf hingewiesen, dass ein Bündnis mit Italien in einem Krieg gegen Österreich notwendig sei. Österreich seinerseits hätte zwischen seinen deutschen und italienischen Interessen wählen müssen, um einem Zweifrontenkrieg zu entgehen. Kaiser Franz Joseph war aber nicht bereit, auch nur einen Bruchteil seiner ererbten Macht preiszugeben, und glaubte, das Reich im Süden und im Norden gleichzeitig verteidigen zu können. Am 8. April 1866 schloss Bismarck – die Verpflichtungen Preussens als Bundesmitglied verletzend – einen geheimen Defensiv- und Offensivvertrag mit der italienischen Regierung unter Alfonso La Marmora gegen Österreich. Italien sollte Österreich nach einer österreichischen Kriegserklärung an Preussen angreifen und dafür nach dem Ende des Krieges Venetien erhalten.
Am Tag darauf brachte der preussische Gesandte beim Bundestag zum dritten Mal, und nun in der Form eines präzisen Antrags, die Forderung nach einer Nationalversammlung ein. Aber auch dieses Mal blieb die Unterstützung der Nationalbewegung für den preussischen „Konfliktminister“ aus, und der preussische Landtag blieb bei seiner Ablehnung des budgetlosen Regimes. Auch die Mittelstaaten hielten sich zurück, allein Bayern ließ sich mit dem Angebot einer Hegemonialstellung in Süddeutschland locken, was aber die anderen Mittelstaaten noch misstrauischer machte.
Angesichts der italienischen Rüstungen beschloss Österreich am 21. April 1866 die Mobilisierung der Grenztruppen im Süden, während Preussen sich militärisch betont zurückhielt. Gleichzeitig begann eine österreichische Initiative zur Übertragung Schleswig-Holsteins an den Deutschen Bund, dem sich Österreich nun wieder annäherte. Dies stellte einen Bruch des Wiener Friedensvertrages und der Gasteiner Konvention dar, zudem hatte Preussen seit seinem Bündnis mit Italien den Boden des Bundes längst verlassen. Als Ausweg blieben nur Verhandlungen von Großmacht zu Großmacht, die durch die private Initiative des preussischen Abgeordneten Gablenz, dessen Bruder österreichischer Gouverneur in Holstein war, zu Stande kamen. Ein unabhängiges Schleswig-Holstein sollte von einem Hohenzollern regiert werden, Preussen hätte die geforderten Sonderrechte erhalten und Deutschland wäre entlang einer Nord-Süd-Linie in einen preussischen und einen österreichischen Machtbereich geteilt werden, wodurch die Mittelstaaten politisch bedeutungslos geworden wären. Bismarck, der sich auch jetzt noch eine Alternative zum Krieg offen halten wollte, unterstützte Gablenz’ Vermittlung. Noch während der Verhandlungen wurde Ende April auch die österreichische Nordarmee mobilisiert, es folgte die Gesamtmobilmachung Preussens (5. – 10. Mai 1866). Die Mittelstaaten – mit Ausnahme Sachsens (für Österreich) – lehnten eine Beteiligung an dem Konflikt noch ab.
Während der Kriegsvorbereitungen hatten sich sowohl Preussen als auch Österreich um französische Unterstützung bemüht. Von Russland, das mit inneren Reformen beschäftigt war, und England, das sich nach der Niederlage in Schleswig-Holstein weitgehend aus der kontinentalen Politik zurückgezogen hatte, war kein Eingreifen zu erwarten. Napoleon III. dagegen wollte einen Kompromiss wie die Gasteiner Konvention vermeiden und sich als Vermittler unentbehrlich machen, ohne sich frühzeitig festzulegen. Mitte April regte er einen europäischen Kongress zur Klärung der deutschen Frage an, um die Konzessionsbereitschaft der deutschen Mächte zu verstärken. Aber vor allem in der Frage der Kompensationen musste er vorsichtig taktieren, denn zu große Forderungen hätten entweder die übrigen Mächte gegen Frankreich aufgebracht oder zu einer preussisch-österreichischen Verständigung als der günstigeren Lösung geführt (noch stand der Gablenz-Plan zur Debatte). Daher konnte Bismarck die Erwähnung von Kompensationen auch relativ leicht abwehren oder „überhören“, solange er sich die Möglichkeit zur Kooperation mit Österreich offen hielt, wofür er auch den italienischen Verbündeten fallen gelassen hätte. Österreich dagegen war nach Bekanntwerden des preussisch-italienischen Vertrages auf Napoleon III. angewiesen, um über ihn Einfluss auf Italien nehmen zu können. Erst kurz vor Ausbruch des Krieges kam es zu einer Verständigung (12. Juni): Frankreich würde sich wohlwollend neutral verhalten und dafür bei einem österreichischen Sieg Venetien erhalten, das es an Italien weiterreichen wollte. Diese Vereinbarung machte den Krieg in Italien von vornherein sinnlos, zumal Italien noch im März bereit gewesen war, Venetien zu kaufen. Weiterhin sollte Belgien an Frankreich fallen, die deutschen Mittelstaaten sollten auf Kosten der kleineren verstärkt werden, und am Rhein sollte ein neuer Pufferstaat außerhalb des Deutschen Bundes entstehen. Den österreichischen Wunsch nach Schlesien wollte Napoleon III. nur unterstützen, wenn dadurch das europäische Gleichgewicht nicht gestört würde. Diese Vereinbarungen mussten Österreich völlig bei der Nationalbewegung diskreditieren.
Am 28 Mai 1866 lehnte Österreich den Gablenz-Plan endgültig ab. Der österreichische Gesandte beim Bundestag erklärte am 1. Juni die Übertragung Schleswig-Holsteins an den Deutschen Bund, um Preussen zum Widerstand gegen den Bund zu zwingen. Tatsächlich beantwortete Bismarck diesen Bruch der Gasteiner Konvention mit der Besetzung Holsteins, allerdings blieb der von beiden Seiten gewünschte militärische Zwischenfall aus.
Nun teilte Preussen den deutschen Staaten am 10. Juni mit, dass es eine dualistische Reform des Bundes unter Ausschluss Österreichs mit Bayern als südlicher Vormacht plane. Diesen Bruch der Bundesakte beantwortete Österreich einen Tag später mit einem Antrag zur Mobilisierung aller nichtpreussischen Teile des Bundesheeres gegen Preussen. Am 14. Juni wurde ein bayerischer Kompromissvorschlag angenommen, der die Mobilisierung aller nichtpreussischen und nichtösterreichischen Bundestruppen vorsah, worauf Preussen die Auflösung des Bundes erklärte. Preussen war also politisch völlig isoliert und auf den militärischen Erfolg angewiesen. Auch die Öffentlichkeit in den Staaten des deutschen Bundes betrachtete Bismarck als Kriegstreiber, in Preussen war es in den vergangenen Monaten sogar zu einer Welle von Antikriegsdemonstrationen gekommen, während in den süddeutschen Staaten selbst die kleindeutschen Nationalisten ihren Regierungen widerstandslos die Kriegsanleihen bewilligten und in Österreich sogar Kriegsbegeisterung aufkam.
In dieser Entscheidungssituation plante Bismarck, nationalrevolutionäre Bewegungen in Österreich anzufachen, die zur Zerstörung der Donaumonarchie geführt hätten, und ermutigte die Italiener zu einem Vorstoß auf Wien. Für den Notfall rechnete er sogar mit einem deutschen Nationalkrieg gegen Frankreich. Diese Pläne waren Ausdruck der existenziellen Bedrohung Preussens, denn die Vernichtung Habsburgs hätte eine vollständige Sprengung des Mächtesystems zur Folge gehabt – was Bismarck sonstiger Strategie widersprach. Nun aber stellte er die Aufstandsbewegungen nicht-deutscher Nationalitäten in Österreich – wichtigstes Instrument war die ungarische Legion unter Klapka – in den Dienst preussischer Machtpolitik. Auch den deutschen Nationalismus als Stützpfeiler seiner Politik und des preussischen Staates hatte Bismarck nicht aus den Augen verloren: Im April 1866 sprach er sich für ein allgemeines Wahlrecht zum Nationalparlament aus und versetzte mit dieser Übernahme revolutionärer Forderungen ganz Europa in Aufruhr.
Allerdings erledigten sich Bismarcks radikale Überlegungen durch den durchschlagenden Erfolg der preussischen Armee. Während die italienischen Truppen bei Custozza gegen Österreich unterlagen, gelangen der reformierten preussischen Armee rasche und vollständige Siege gegen die Mittelstaaten und gegen Österreich bei Königgrätz (3. Juli 1866). Der militärische Erfolg rechtfertigte auch die umstrittene Heeresreform Roons und zementierte den in der Verfassung angelegten Dualismus von ziviler und militärischer Führung und führte dazu, dass sich das allein dem König verantwortliche Militärkabinett nach 1867 rasch von der Kontrolle durch das preussische Kriegsministerium emanzipierte. Unmittelbar nach der vernichtenden Niederlage bat Mensdorff um französische Vermittlung, und Bismarck stimmte zu, um eine französische Intervention oder eine Großmächtekonferenz zu vermeiden.
Napoleon III. wurde durch den Umfang des preussischen Sieges seiner komfortablen Vermittlerposition beraubt. Während Außenminister Drouyn de Lhuys ihn zum Eingreifen an der Rheingrenze drängte, entschied er sich, dem österreichischen Wunsch nach „freundlicher“ Vermittlung zu entsprechen. Der Plan für einen Friedensvertrag (14. Juli) sah die Auflösung des Deutschen Bundes und die Gründung eines preussisch geführten Norddeutschen Bundes vor, wobei die Beschränkung auf Norddeutschland vor allem ein Zugeständnis Bismarcks an Frankreich war, das ein geeintes Deutschland als mächtigen Konkurrenzen fürchtete. Die 1866/67 von Bismarck ausgearbeitete Verfassung bescherte dem preussischen König als „Präsident“ des Bundes eine gewaltige Machtfülle: Er bestimmte die Außenpolitik und entschied über Krieg und Frieden, ernannte und entließ den Kanzler und alle Beamten des Bundes nach Belieben, eröffnete und schloss den Reichstag. Darüber hinaus war er als preussischer König (nicht als Präsident) Oberbefehlshaber der Bundesarmee. Neben dem Reichstag als Volksvertretung gab es als Nachbildung des alten Frankfurter Bundestages einen Bundesrat mit legislativen und exekutiven Kompetenzen, dem der Kanzler des Bundes im Stil des früheren Präsidialgesandten vorstehen sollte.
Bei den Verhandlungen über den Friedensschluss wurde auch ein „Südbund“ der süddeutschen Staaten Baden, Württemberg und Bayern, deren territoriale Integrität und internationale Existenz gemäß dem französischen Vermittlungsplan in separaten Verträgen garantiert wurde, ins Auge gefasst. Frankreich plante, als Hegemonialmacht in Süddeutschland an die Stelle Österreichs zu treten und ließ Preussen im Norden relativ freie Hand. Nur gegen die Annexion Sachsens machte Napoleon III. Einwände geltend, so dass Preussen Schleswig-Holstein und alle gegnerischen Staaten nördlich der Mainlinie außer Sachsen und dem nördlichen Teil Hessen-Darmstadts annektieren konnte. Österreich sollte dagegen nach Bismarcks Willen völlig geschont werden und außer Venetien keine Gebiete verlieren, damit nicht eine dauerhafte preussisch-österreichische Feindschaft außenpolitischen Spielraum nähme. Obwohl der König und die Militärführung darauf brannten, Österreich einen Erobererfrieden zu diktieren, und Wilhelms Gewissen die Annexion legitimer deutscher Staaten verweigerte, erreichte Bismarck die Zustimmung des Königs zu dieser Lösung. Seit Napoleon I. hatte sich niemand so rücksichtslos über das Legimitätsprinzip hinweggesetzt wie der preussische Ministerpräsident. Vier Tage nach dem Waffenstillstand wurde am 26. Juli 1866 der Präliminarfrieden von Nikolsburg unterzeichnet.
Ganz Europa war durch das Ergebnis des deutschen Bruderkrieges besorgt, wobei den Zaren Alexander auch Bismarcks nationalrevolutionäre Methoden der Kriegsvorbereitung zutiefst beunruhigt hatten. Die russische Regierung bemühte sich deshalb, eine gemeinsame Intervention Russlands, Englands und Frankreichs in Deutschland sowie einen europäischen Kongress zur Prüfung und Mäßigung der preussischen Kriegsziele zu organisieren. Dieser Interventionskrise im Juli 1866 begegnete Bismarck mit seiner bewährten Mischung aus Drohungen und Versprechungen: Als am 27. Juli der Antrag Russlands auf einen europäischen Kongress eintraf, verwies er auf den eben abgeschlossenen Frieden und versprach preussische Unterstützung gegen die Pontusklauseln von 1856, deren Aufhebung ein weiteres wichtiges Motiv des Zaren für den Kongress darstellten. Auf der anderen Seite drohte er, bei einer gemeinsamen Aktion der Großmächte gegen Preussen, seine Pläne zur Zerstörung Habsburgs wieder aufzunehmen, erweitert um die Unterstützung der polnischen Unabhängigkeitsbewegung.
Frankreich warnte er unmittelbar nach der Schlacht von Königgrätz vor der Entfesselung eines deutschen Nationalkrieges gegen den „Erbfeind“, gleichzeitig stellte er die Grenze von 1814 (die bayerische Pfalz, das Saarland und Luxemburg) in Aussicht. In Frankreich wurde die Kompensationsfrage hochgespielt, weil man die Niederlage des österreichischen Verbündeten als eigene Demütigung empfand („Revanche pour Sadowa“). Napoleon III., zum Gefangenen seiner Prestigepolitik geworden, forderte deshalb durch seinen Gesandten Benedetti am 4. August 1866 offiziell die Gebiete, von denen Bismarck gesprochen hatte, als Kompensationen. Aber nach dem Abschluss des Präliminarfriedens fühlte sich Bismarck stark genug, auch diese Forderung zurückzuweisen, obwohl er glaubte, damit das Risiko eines Krieges mit Frankreich und dem verbündeten Österreich einzugehen. Stattdessen lenkte Napoleon III., dessen Truppen in Mexiko und Algerien gebunden waren, am 11. August 1866 ein und entließ seinen Außenminister Drouyn de Lhuys. Damit blieb die vertragliche Beschränkung Preussens auf das Gebiet nördlich der Mainlinie der einzige Erfolg der französischen Diplomatie 1866. Indessen machte die zwiespältige Politik Napoleons III. auch die Hoffnungen auf eine französische Hegemonie in Süddeutschland zunichte, für die durchaus Chancen bestanden: Indem Bismarck Bayern, Baden und Württemberg die Forderungen Frankreichs vorlegte, konnte er sie zu Schutz- und Trutzbündnissen mit Preussen bewegen, die den preussischen Einfluss südlich der Mainlinie verstärkten.
Der endgültige Prager Friedensvertrag mit Österreich (23. August 1866) vervollkommnete den Triumph der Bismarck’schen Machtpolitik: Österreich war aus Deutschland verdrängt worden, Preussens Macht war stark erweitert und die Zerstörung Österreichs hatte vermieden werden können, d.h. das Großmächtesystem war erhalten geblieben. Allerdings hatte die Niederlage der Donaumonarchie den von den Ungarn geforderten Ausgleich bewirkt: In der österreichisch-ungarischen Doppelmonarchie herrschte Franz Joseph I. als österreichischer Kaiser und ungarischer König. Der Norddeutsche Bund stellte demgegenüber nicht nur ein vergrößertes Preussen, sondern den Kern eines deutschen Nationalstaates dar.
Bemerkenswert war außerdem die erneute Schwächung der europäischen Solidarität und Verantwortung für die Friedensordnung: Die diplomatischen Initiativen Frankreichs und Russlands hatten trotz der erheblichen Folgen des Krieges für das Mächtesystem nicht zu einer Intervention der Großmächte geführt. Anders als noch 1864 in Schleswig-Holstein war eine europäische Regelung nicht einmal versucht worden. Die Zerstörung der Ordnung in Mitteleuropa mit der Auflösung des Deutschen Bundes zog ein verstärktes Sicherheitsbedürfnis der einzelnen Mächte nach sich.
Innenpolitisch zeigte Bismarcks beharrliches Werben um die Nationalbewegung endlich Wirkung: Schon angesichts der ersten Erfolge der preussischen Armee Ende Juni 1866 hatten die Konservativen einen Wahlsieg erzielt, der die stabile liberale Mehrheit im Landtag brach. Nun sah Bismarck die Gelegenheit, den Verfassungskonflikt beizulegen, indem er die in den vergangenen vier Jahren gemachten Ausgaben und damit auch seine verfassungswidrige Regierung nachträglich durch das Parlament bewilligen ließ. Die Indemnitätsvorlage, die die königliche Regierung in einer Thronrede am 5. August 1866 erbat, wurde vom Parlament am 3. September 1866 angenommen. Dieser demokratische Sündenfall spaltete die Liberalen im konstituierenden Reichstag des Norddeutschen Bundes 1867 in eine oppositionelle Fortschrittspartei und eine Bismarck unterstützende Nationalliberale Partei, die hauptsächlich aus nichtpreussischen Mitgliedern bestand und der nationalen Frage Vorrang vor liberalen Prinzipien gab. Die Verbreiterung der innenpolitischen Basis schränkte allerdings die für Bismarcks Politik unabdingbare außenpolitische Flexibilität ein, denn die Nationalbewegung hätte eine Kooperation mit dem „Erbfeind“ oder eine Abtretung deutscher Gebiete nicht toleriert. Die Luxemburg-Krise 1867 verdeutlichte dieses Dilemma.